Quantitative detection of Noroviruses in school epidemic by dual fluorescence digital PCR

Abstract

Abstract:

Objective To establish a dual-fluorescence reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction（RT-ddPCR） quantitative detection method for the epidemic determination of Norovirus（GⅠ and GⅡ） outbreaks in schools. Methods Based on the samples of the Norovirus epidemic in schools，primers and probes were selected，the reaction system was optimized，the appropriate annealing temperature and detection range were determined，and a dual fluorescence RT-ddPCR quantitative detection method for Norovirus was established. Results The annealing temperature of the method was 58 ℃ with a linear range of 5.0-1.0×10⁴ copies/μL. The correlation coefficient was 0.998，the limit of detection was 2.0 copies/μL，the limit of quantification was 5.0 copies/μL，and the relative standard deviation（RSD） was 2.1%-21.5%. Conclusion The RT-ddPCR quantitative detection method for the Norovirus has the advantages of strong specificity，high sensitivity and low detection limit，which is suitable for the quantitative determination of Norovirus（GⅠ and GⅡ） epidemic in schools.

Key words: Digital PCR, Norovirus, Quantitative detection, School

CLC Number:

R115

FENG Yaoji, SU Yan, SU Wenzhang, LUO Lin, DENG Jielin. Quantitative detection of Noroviruses in school epidemic by dual fluorescence digital PCR. [J]OCCUPATION AND HEALTH, 2026, 42(15): 2043-2047.

Figures/Tables 12

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病毒名称	引物和探针序列（方向5'-3'）	扩增片段大小（bp）	参考毒株基因序列号及扩增基因位置
GⅠ型NV	COG1-F：GCARGCCATGTTCCGCTG	102	GenBank登录号：OP7462279.1，（186~287）
	COG1-R：CGTCCTTAGACGCCATCATCATT
	RING1-P：CGRTCTCCTGTCCACA
GⅡ型NV	COG2-F：CMATGTHCAGRTGGATGAGRTTYTC	91	GenBank登录号：OP309633.1，（191~281）
	COG2-R：TMGACGCCATCYTCATTCACR
	RING2-P：ATCGCAATCTKGCTCC

病毒名称	引物和探针序列（方向5'-3'）	扩增片段大小（bp）	参考毒株基因序列号及扩增基因位置
GⅠ型NV	COG1-F：GCARGCCATGTTCCGCTG	102	GenBank登录号：OP7462279.1，（186~287）
	COG1-R：CGTCCTTAGACGCCATCATCATT
	RING1-P：CGRTCTCCTGTCCACA
GⅡ型NV	COG2-F：CMATGTHCAGRTGGATGAGRTTYTC	91	GenBank登录号：OP309633.1，（191~281）
	COG2-R：TMGACGCCATCYTCATTCACR
	RING2-P：ATCGCAATCTKGCTCC

序号	理论浓度（copies/μL）	平行检测（copies/μL）			平均值（copies/μL）	RSD （%）
序号	理论浓度（copies/μL）	1	2	3	平均值（copies/μL）	RSD （%）
1	10 000.0	9 381.0	9 167.8	9 589.5	9 379.4	2.248
2	5 000.0	4 626.0	4 439.5	3 896.0	4 320.5	8.778
3	1 000.0	961.3	1 053.8	1 087.8	1 034.3	6.330
4	100.0	78.8	74.5	71.0	74.8	5.192
5	10.0	9.5	7.3	7.5	8.1	15.256
6	5.0	7.1	4.6	6.2	6.0	21.976
7	2.0	2.2	0.9	2.0	1.7	41.176

序号	理论浓度（copies/μL）	平行检测（copies/μL）			平均值（copies/μL）	RSD （%）
序号	理论浓度（copies/μL）	1	2	3	平均值（copies/μL）	RSD （%）
1	10 000.0	9 381.0	9 167.8	9 589.5	9 379.4	2.248
2	5 000.0	4 626.0	4 439.5	3 896.0	4 320.5	8.778
3	1 000.0	961.3	1 053.8	1 087.8	1 034.3	6.330
4	100.0	78.8	74.5	71.0	74.8	5.192
5	10.0	9.5	7.3	7.5	8.1	15.256
6	5.0	7.1	4.6	6.2	6.0	21.976
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序号	理论浓度（copies/μL）	平行检测（copies/μL）			平均值（copies/μL）	RSD （%）
序号	理论浓度（copies/μL）	1	2	3	平均值（copies/μL）	RSD （%）
1	10 000.0	9 587.8	8 968.0	10 129.5	9 561.8	6.078
2	5 000.0	4 410.5	4 803.8	4 061.3	4 425.2	8.394
3	1 000.0	1 043.3	931.3	1 103.8	1 026.1	8.530
4	100.0	64.8	71.8	66.8	67.8	5.322
5	10.0	9.8	6.9	8.4	8.3	17.555
6	5.0	6.6	4.4	6.8	5.9	22.890
7	2.0	1.6	1.2	2.3	1.7	32.752