2022—2023年承德市肠炎沙门菌耐药表型及基因型分析

摘要/Abstract

摘要：

目的了解承德市腹泻病例中分离出的肠炎沙门菌耐药情况，分析耐药表型与耐药基因型的关联。方法收集2022—2023年承德市哨点医院腹泻患者粪便中分离的30株肠炎沙门菌，开展血清学鉴定、药敏试验以及全基因组测序，依据测序结果在基因组流行病学中心（center for genomic epidemiology，CGE）网站中SeqSero2血清分型数据库和ResFinder抗性基因数据库获取待测菌株的血清型及耐药基因型，并对耐药表型及耐药基因进行关联分析。结果 30株经常规血清分型方法鉴定为肠炎沙门菌的菌株，与SeqSero2数据库预测血清型结果一致。全部菌株均对萘啶酸耐药，其次是氨苄西林、链霉素、氨苄西林/舒巴坦及四环素，耐药率分别为73.33%、46.67%、36.67%和30.00%，多重耐药菌率为53.33%。全基因组测序共检测到7类23种耐药基因，氨基糖苷类耐药基因携带率最高。耐药表型与耐药基因型总体符合率为92.94%，其中四环素、环丙沙星、阿奇霉素、氯霉素耐药结果与测序结果完全一致。结论承德地区肠炎沙门菌耐药及多重耐药现象严重，全基因组测序能够较为准确的预测其血清型及耐药基因型。

关键词: 肠炎沙门菌, 血清型, 耐药, 全基因组测序, 耐药基因型

Abstract:

Objective To investigate drug resistance of Salmonella enteritidis isolated from diarrhea cases in Chengde City，and analyze the association between drug resistance phenotype and drug resistance genotype. Methods Thirty strains of Salmonella enteritidis isolated from feces of diarrhea patients in sentinel hospital of Chengde City from 2022 to 2023 were collected，and serological identification，drug susceptibility test and whole genome sequencing were carried out. According to the sequencing results，the serotypes and drug resistance genotypes of the tested strains were obtained from the SeqSero2 serotyping database and ResFinder resistance gene database on the website of the center for genomic epidemiology（CGE），and the drug resistance phenotypes and drug resistance genes were analyzed. Results Totally 30 strains were identified as Salmonella enteritidis by routine serotyping method，which was consistent with the serotype predicted by SeqSero2 database. All strains were resistant to nalidixic acid，followed by ampicillin，streptomycin，ampicillin/sulbactam and tetracycline，with drug resistance rates of 73.33%，46.67%，36.67% and 30.00%，respectively，and multi-drug resistance rate of 53.33%. A total of 23 drug resistance genes in 7 classes were detected by whole genome sequencing，and aminoglycoside drug resistance genes carried the highest rate. The overall coincidence rate of drug resistance phenotype and drug resistance genotype was 92.94%，and the results of drug resistance of tetracycline，ciprofloxacin， azithromycin and chloramphenicol were completely consistent with the sequencing results. Conclusion Salmonella enteritidis in Chengde area has serious drug resistance and multiple drug resistance，and whole genome sequencing can accurately predict its serotype and drug resistance genotype.

Key words: Salmonella enteritidis, Serotype, Drug resistance, Whole genome sequencing, Drug resistance genotype

中图分类号:

R117

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图/表 4

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耐药种类（种）	耐药谱	菌株数	耐药菌株数
1	NAL-	5	5
2	AMP-NAL-	7	9
	AZI-NAL-	1
	NAL-STR-	1
3	AMS-NAL-STR-	1	4
	AMP-AMS-NAL-	1
	AMP-NAL-STR-	2
4	AMP-TET-NAL-SXT-	1	4
	AMP-AMS-NAL-STR-	2
	AMP-TET-NAL-STR-	1
5	AMP-AMS-TET-NAL-STR-	4	6
	AMP-AMS-CHL-NAL-STR-	1
	AMP-TET-CIP-NAL-STR-	1
6	AMP-AMS-TET-NAL-STR-SXT-	2	2

耐药种类（种）	耐药谱	菌株数	耐药菌株数
1	NAL-	5	5
2	AMP-NAL-	7	9
	AZI-NAL-	1
	NAL-STR-	1
3	AMS-NAL-STR-	1	4
	AMP-AMS-NAL-	1
	AMP-NAL-STR-	2
4	AMP-TET-NAL-SXT-	1	4
	AMP-AMS-NAL-STR-	2
	AMP-TET-NAL-STR-	1
5	AMP-AMS-TET-NAL-STR-	4	6
	AMP-AMS-CHL-NAL-STR-	1
	AMP-TET-CIP-NAL-STR-	1
6	AMP-AMS-TET-NAL-STR-SXT-	2	2

药物类别	耐药基因名称	携带耐药基因菌株数	携带率（%）
氨基糖苷类	aac（6'）-Iaa、aph（6）-Id、aph（3''）-Ib、aac（3）-IId、aph（3'）-IIa、aadA1、aadA5、aadA22	30	100.00
β-内酰胺类	blaTEM-1B、blaTEM-20、blaTEM-32、blaTEM-40、blaOXA-10	23	76.67
叶酸途径抑制剂类	sul1、sul2、dfrA1、dfrA14、dfrA17	16	53.33
大环内酯类	mph（A）、erm（B）	3	10.00
四环素类	tet（A）	9	30.00
氯霉素类	cmlA1	1	3.33
喹诺酮类	qnrS1	1	3.33
核苷酸突变位点	parC：T57S	1	3.33
	gyrA：S83Y	2	6.67
	gyrA：D87Y	20	66.67
	gyrA：D87G	5	16.67
	gyrA：D87N	3	10.00

药物类别	耐药基因名称	携带耐药基因菌株数	携带率（%）
氨基糖苷类	aac（6'）-Iaa、aph（6）-Id、aph（3''）-Ib、aac（3）-IId、aph（3'）-IIa、aadA1、aadA5、aadA22	30	100.00
β-内酰胺类	blaTEM-1B、blaTEM-20、blaTEM-32、blaTEM-40、blaOXA-10	23	76.67
叶酸途径抑制剂类	sul1、sul2、dfrA1、dfrA14、dfrA17	16	53.33
大环内酯类	mph（A）、erm（B）	3	10.00
四环素类	tet（A）	9	30.00
氯霉素类	cmlA1	1	3.33
喹诺酮类	qnrS1	1	3.33
核苷酸突变位点	parC：T57S	1	3.33
	gyrA：S83Y	2	6.67
	gyrA：D87Y	20	66.67
	gyrA：D87G	5	16.67
	gyrA：D87N	3	10.00

抗生素种类	表型耐药菌株数	相关耐药基因	基因型耐药菌株数	一致性（%）
氨苄西林	22	blaTEM-1B	18	90.91
		blaOXA-10	1
		blaTEM-20/blaTEM-32/ blaTEM-40	1
氨苄西林/舒巴坦	11	blaTEM-1B	9	90.91
		blaTEM-20/blaTEM-32/ blaTEM-40	1
四环素	9	tet（A）	9	100.00
环丙沙星	1	qnrS1	1	100.00
阿奇霉素	1	mph（A）	1	100.00
氯霉素	1	cmlA1	1	100.00
链霉素	14	aac（6'）-Iaa/aph（6）-Id/ aph（3''）-Ib	9	85.71
		aac（6'）-Iaa/aadA22	2
		aac（6'）-Iaa/aadA1	1
复方新诺明	4	sul1/dfrA1	1	100.00
		sul2/dfrA17	1
		sul2	2